AlphaFold Database expands to proteome-scale quaternary structures
AlphaFold 構造データベース（AFDB）が、4,777 のプロテオームから推定された 180 万もの高信頼性のタンパク質複合体構造を追加し、単一タンパク質構造の予測を超えた相互作用網の包括的な理解と機能解明を可能にする基盤資源を拡充しました。
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synthetic biology
68 件の論文
An expedient, biology-laboratory-compatible method for preparing functional perfluoropolyether fluorosurfactants for droplet microfluidics
この論文は、酸塩化物中間体や化学者向け精製法を必要とせず、生体実験室で容易に実施可能なカルボジイミドカップリング法を用いて、機能性ペルフルオロポリエーテル（PFPE）系フッ素系界面活性剤を調製し、液滴マイクロ流体技術における多様な生物学的応用でその有用性を実証したものである。
Enhanced tRNA array method version 2 for simultaneous in vitro synthesis of 21 tRNAs
本研究では、転写翻訳系における翻訳効率を向上させるため、tRNA アレイ法バージョン 2 を開発し、単一の DNA テンプレートから 21 種類の tRNA を同時に合成して個々に調製した tRNA と同等の翻訳活性を実現したことを報告しています。
Light-guided actin polymerization drives directed motility in protocells
この論文は、光制御により巨大単層リポソーム（GUV）内でアクチン重合を誘導し、分岐型と直線型のアクチンネットワークの両方が必要であることを明らかにすることで、人工細胞の自律的な運動と形態変化を実現する新たなプラットフォームを開発したことを報告しています。
Transient contractility attenuation reprograms epithelial cells into a protrusion-driven state that drives tissue fluidization
一時的な収縮力の低下が、細胞の形態・力学・シグナル伝達を協調的に再編成し、ERK 経路の再配線を通じて上皮組織を「先導細胞様」の突出駆動状態へと転換させ、組織の流動化を誘導するメカニズムが解明されました。
Modulating Innate Immune Responses to Curli Fibers Through Protein Engineering
この論文は、天然の免疫刺激物質である大腸菌のクルリ繊維をタンパク質工学により改変し、特に TLR2 受容体への直接拮抗作用を持つ設計が炎症性サイトカインの分泌を効果的に抑制できることを実証することで、宿主と微生物の相互作用を制御するプログラマブルなプラットフォームの確立を示しています。
Optimization of PURE system composition using automation and active learning
アクティブラーニングと自動化液滴ハンドリングを組み合わせることで、PURE システムの構成成分を効率的に最適化し、タンパク質収量の大幅な向上と DNA 濃度や遺伝子コンテキストに依存した最適組成の存在を実証しました。
Improved Biosynthesis of Ethylene Glycol from Xylose in Engineered E. coli Utilizing Two-Stage Dynamic Control
本研究では、エチレングリコール生産における競合経路の抑制と NADPH 供給の増強を目的とした 2 段階動的制御戦略を大腸菌に適用し、最適化された菌株を用いたフェドバッチ培養で理論収率の 92% に相当する 140 g/L のエチレングリコール生産を達成したことを報告しています。
Endogenous intronic RNA tightly controls Cas9/CRISPR-mediated gene editing in human cells
この論文は、標的遺伝子のイントロンをトリガーとして利用する条件付きガイド RNA（intcgRNA）を開発し、標的遺伝子を発現する細胞のみで Cas9/CRISPR による遺伝子編集を精密に制御し、オフターゲット効果を回避する新たな手法を提案したものである。
CombinGym: a benchmark platform for machine learning-assisted design of combinatorial protein variants
本研究は、タンパク質の組み合わせ変異設計における機械学習の課題を解決するため、14 のデータセットと 9 つのアルゴリズムを評価し、低次変異データを活用して高次変異を予測する手法の有効性をシミュレーションおよび実験で実証したベンチマークプラットフォーム「CombinGym」を提案しています。
Engineering bacterial combinatorial promoters for two-input chemical AND switching
Marionette 転写因子カセットを用いて大腸菌の 2 入力化学的 AND スイッチを体系的に設計・評価し、9 種類の堅牢なアーキテクチャを特定するとともに、部分的な誘導状態の抑制やオペレータの向き管理など、多入力プロモータの工学における実践的な設計指針を明らかにしました。
Substrate transport limits phenylalanine ammonia-lyase activity in engineered Lacticaseibacillus rhamnosus GG
本論文は、フェニルケトン尿症治療用酵素 AvPAL* を発現する乳酸菌の全細胞触媒において、基質輸送が活性制限要因であることを示し、異種トランスポーターの発現により反応速度を 3〜4 倍向上させたことを報告している。
The Cepeda Framework: A Modular, Safety-First Preclinical Architecture for Testing Coordinated Multi-Hallmark Rejuvenation Hypotheses in Biological Aging
この論文は、老化の12の指標を網羅し、21,000回のシミュレーションサイクルを通じて安全性と有効性を検証した、部分的なリプログラミングを安全かつ体系的に試験するためのモジュール型前臨床研究フレームワーク「セペダ・フレームワーク」を提案する理論的予備論文である。
Seven inducible promoters for Zymomonas mobilis
本論文では、Zymomonas mobilis において機能する 7 つの化学的誘導性プロモーターを系統的に評価し、特に VanRAM-PvanCC および CinRAM-Pcin が広範な利用に有望であることを明らかにしました。
A genetically encoded local learning rule enables physical learning in engineered bacteria
この論文は、大腸菌の遺伝子回路を用いて物理的なニューラルネットワークを直接学習させる新たな手法を開発し、細胞内のプラスミドコピー数比を重みとして保存・更新する「メムレギュロン」システムにより、単一細胞から多菌株混成培養、さらには多層構造に至るまで環境感知や医療応用に向けた適応型生体ハードウェアの実現可能性を示したものである。
Multi-lab, Multi-enzyme Study Demonstrates the Versatility of Bacterial Microcompartment Shells as a Modular Platform for Confined Biocatalysis
本研究は、SpyCatcher-SpyTag 系を用いた 16 種の酵素の多施設共同評価を通じて、細菌マイクロコンパートメント殻を酵素の封入・安定化・多酵素経路の構築に適用可能な汎用的なモジュールプラットフォームとして確立したことを示しています。
A Toolbox for Biomanufacturing of Functionalised PHA Nanoparticles with C. necator
本論文は、Cupriavidus necator を用いて PHA ナノ粒子の製造プロセスを最適化し、PHA 合成酵素の多様性や共培養による収量向上、そして SpyTag-SpyCatcher 技術による機能化を実現する包括的なプラットフォームを開発したことを報告しています。
Context-dependent determinants of CRISPR-Cas9 editing efficiency revealed through cross-species endogenous editing analysis
本論文は、複数の生物種におけるエンドジェナous な編集データを用いた解析を通じて、CRISPR-Cas9 の編集効率を決定する要因が生物種や細胞環境に強く依存しており普遍的なモデルは存在しないことを明らかにし、一方で修復結果の傾向は保存されていることを示しました。
WITHDRAWN: Escherichia coli Microcin B17 as a chassis for the development of novel antimicrobial peptides.
この論文は、精製されたペプチドの生物活性が確認できず、元の手法で抗生物質が混入していた可能性が示されたため、著者によって撤回されたことを伝えています。
Improved vector toolkit for genome writing in mammalian cells
本研究は、哺乳類細胞における大規模ゲノム書き換え手法である mSwAP-In の実用化を促進するため、標準化されたベクターキットと関連技術を開発・検証したものである。